В мультфильме Черепашки-ниндзя разворачивается невероятная история превращения обычных животных в легендарных героев. Все начинается с того, что японский иммигрант Хамато Йоши приобретает четырех маленьких черепашек, даже не подозревая, какая удивительная судьба их ждет. В результате воздействия загадочного мутагена происходит фантастическое преображение: сам Йоши обретает облик получеловека-полукрысы по имени Сплинтер, а его питомцы не только увеличиваются до человеческого роста, но и становятся разумными существами.
Сплинтер, будучи когда-то мастером боевых искусств, передает своим воспитанникам все секреты ниндзюцу. Каждая черепашка получает уникальное имя в честь великих художников эпохи Возрождения и осваивает собственный стиль боя с использованием традиционного японского оружия. Под руководством мудрого наставника четверка подростков-мутантов осваивает не только боевые техники, но и постигает кодекс чести настоящих ниндзя.
Черепашки-ниндзя становятся бесстрашными защитниками Нью-Йорка, противостоящими преступному миру и сверхъестественным угрозам. Из обычных рептилий они превращаются в слаженную команду, где каждый обладает яркой индивидуальностью, но все вместе они представляют собой грозную силу, способную противостоять любым опасностям, скрывающимся в тени небоскребов мегаполиса.
